Im Jahr 1910 plante der Verein Hilfe für Waisen, dessen Vorstandsmitglied Korczak war, ein neues Haus zu bauen, das „Dom Sierot“ (Haus der Waisen) heißen sollte und „Sozialwaisen“ bzw. „Straßenkinder“ beherbergen sollte. Korczak beteiligte sich maßgeblich an den Planungen für das Haus, das in der Krochmalna 92 von Henryk Stifelmann und dem Verein Hilfe für Waisen als Bauherren gebaut werden sollte. Am 14. Juni 1911 erfolgte die Grundsteinlegung für den Bau des Waisenhauses. Es sollte ein Haus werden, das das Recht des Kindes auf Fürsorge im Rahmen der Würde eines jeden einzelnen Menschen realisieren sollte. In seinem 35. Lebensjahr widmete sich Korczak somit gemeinsam mit Stefania Wilczyńska, als neu eingestellten Haupterzieherin, ganz den Waisen. Er konnte dabei nunmehr seiner ärztlichen Berufung treu bleiben und gleichzeitig seinen pädagogischen Vorstellungen Raum geben (Beiner, 2011, S. 77 ff.).
Seine Entscheidung für die Übernahme der Leitung des Waisenhauses ging einher mit der zuvorigen Entscheidung, auf eigene Familie und Kinder zu verzichten, was er selbst jedoch nicht als Verlust ansah. (Mortkowicz-Olaczkowa, 1967, S. 91).
Im Oktober 1912 bezog Korczak mit der neuen Haupterzieherin Stefania Wilczyńska anschließend gemeinsam mit 85 Kindern, die zwischen sieben und fünfzehn Jahre alt waren, das neue Waisenhaus. Da das Haus beim Umzug nur provisorisch bezugsfertig war, fand die offizielle Einweihungsfeier erst am 27. Februar 1913 statt. Korczak wollte von Anfang an die Partizipation und Emanzipation der Kinder fördern und suchte sich daher Hilfe bei den Kindern selbst.